Le réveil d'Astro est encore classé top secret. Personne ne sait s'il est toujours parfaitement opérationnel, personne ne sait pourquoi il s'est réveillé avec une formule mathématique à l'esprit. La formule d'une bombe anti-proton qui pourrait détruire le monde. Le professeur Ochanomizu apprend que son collègue Tenma a inséré dans Astro la carte mémoire de Gesicht. Seule une émotion forte pouvait le réveiller. Et la dernière émotion enregistrée par Gesicht était de la haine...
A Tokyo City, la fin du monde est proche.