Grâce à l'aide de Green et Blue, Red est persuadé d'avoir déjoué pour de bon les plans de la maléfique Team Rocket. Toujours décidé à compléter le Pokédex que lui a confié le professeur Chen, il repart sur les routes accompagné de ses Pokémon. Mais Red est loin de se douter des dangers qui l'attendent.